公元2195年,谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现,并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时,民间企业ネルガル重工NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器,装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势,包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮,使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上,由于采取了“能力一流,不问性格”的选拔方针,结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人,在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人,一直跟在她的后面,并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师,但却发生了一些意外,使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历,他们一方面和木星蜥蜴作战,另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主,而他们随着不断的战斗,渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相....